В обособените колекции на архива се съхраняват ценни документи: спомени на изтъкнати политически и обществени дейци като: С. Радев, Ст. Мошанов, К. Муравиев, М. Янчулев, Л. Малеев, Сп. Прокопов, П. Генадиев, К. Шапкарев и др.; документи от средновековието и Възраждането; за музикалното минало на градовете; за развитието на художественото изкуство в България и др.

    Най-изследваната от читателите, е сбирката "Старобългарски и славянски ръкописи". Сред тях са Троянския дамаскин, Битолския триод, Иван-Александровия песнивец, преписи на Паисиевата история, пролози, дамаскини и др. Съхраняваните документи в НА-БАН са богат извор за историята на научната мисъл.

    От създаването на НА на БАН са комплектувани над 380 лични фонда, от които повече от 220 са от епохата на капитализма и над 160 от социалистическата епоха. Комплектовани са и 17 сбирки. Архивът притежава 80 хил. кадри микрофилми на най-ценните документи. В помощ на читателите НА има следния справочен апарат: пътеводител по фондовете, инвентарни описи на обработените и лични фондове с исторически справки, класификационни схеми и др., указатели, фото каталог, каталог на личните досиета на членовете на Академията, каталог на международната дейност и др. В него са посочени исковите данни, които съдържат номера на фонда и броя на архивките едииници на документи.